קשיים תוכניים הם קשיים הנובעים מהתוכן של הכתוב ולא מהבנתו. ניתן למנות בהם כמה סוגים שונים:
- סתירה – סתירה בין שני דברים בקטע או בין דבר מה בקטע לטקסט אחר בתנ"ך. לדוגמה, במלכים א יב נכתב על פילוג הממלכה: "כֹּה אָמַר יְהוָה: לֹא-תַעֲלוּ וְלֹא-תִלָּחֲמוּן עִם-אֲחֵיכֶם בְּנֵי-יִשְׂרָאֵל, שׁוּבוּ אִישׁ לְבֵיתוֹ–כִּי מֵאִתִּי נִהְיָה, הַדָּבָר הַזֶּה", כלומר האל אומר שהפילוג נגרם כי הוא רצה בו, ואילו במלכים ב יז מואשמת ממלכת ישראל: "כִּי-קָרַע יִשְׂרָאֵל, מֵעַל בֵּית דָּוִד, וַיַּמְלִיכוּ, אֶת-יָרָבְעָם בֶּן-נְבָט", כלומר הפילוג מוצג כמזימה שלהם.
- ייתור – מרבית התנ"ך נכתב בקיצור, וללא חזרה על פרטים מיותרים או פרטים שכבר נכתבו. כאשר ישנה חזרה כזו היא למעשה "עודפת", והפרשנים השונים ינסו להסביר מדוע היא נכתבה, כלומר להסביר לשם מה נדרש התנ"ך לייתור.
- חיסור – פרט מידע חסר בסיפור. לדוגמה, בירמיה פרק כו מוצג השתלשלות של משפט שנערך לירמיה, ופתאום, ללא כל הקשר, נכתב: "אַךְ, יַד אֲחִיקָם בֶּן-שָׁפָן, הָיְתָה, אֶת-יִרְמְיָהוּ–לְבִלְתִּי תֵּת-אֹתוֹ בְיַד-הָעָם, לַהֲמִיתוֹ". לא ברור מה קרה – האם המשפט הוכרע ונגזר דינו למוות? האם ההמון, הקהל, "פוצץ" את המשפט ורצה לעשות לינץ' בירמיה? לא ברור, ישנו כאן חוסר.
