בשנת 539 לפנה"ס הפרסים, כשבראשם המלך כורש, משתלטים על האימפריה הבבלית. הם מנהיגים מדיניות חדשה לפיה כל עם רשאי לחזור לארצות המוצא שלו ולהקים מחדש את המקדשים לאליו. אחד העמים הללו – הוא העם היהודי. היתר זה פותח תקופה חדשה בתולדות העם – "שיבת-ציון" – התקופה בה העם שב לציון. האמת ההיסטרית היא שלא כל העם שב לציון, חלק בחרו להישאר בבבל, אולם אין מקורות המצביעים על שיעור העולים מקרב העם. בשנת 520 לפנה"ס מתחילים עולי שיבת ציון לבנות מחדש את בית-המקדש, ובשנת 516 לפנה"ס הם חונכים את בית המקדש השני, שיכונה מעכשיו – "הבית השני", ועימו תכונה התקופה – "תקופת בית שני".

בשנת 333 לפנה"ס כובש הצבא היווני בראשות אלכסנדר מוקדון, המכונה "הגדול" שטחים נרחבים במזרח התיכון. בין היתר נכבשת גם ארץ-ישראל. הכיבושים גורמים להתחלת חדירתה לאזור של התרבות היוונית – הלניסטית, עם-זאת, האוטונומיה הדתית של היהודים נשמרת. והפולחן היהודי בבית-המקדש נשמר.

עם מותו של מוקדון החלה האימפריה היוונית להתפרק. באזור שלנו צמחו שני אזורי שליטה – אזור שנשלט על-ידי שושלת בית-תלמי, בעיקר באזור מצרים, ואזור שנשלט על-ידי שושלת בית-סלאוקוס, בעיקר באזור סוריה, ארץ-ישראל, וצפונה. בין שתי השושלות הללו, שתיהן יווניות, החלו מאבקי כוח ושליטה.

בתחילת המאה השניה לפנה"ס התרבות היוונית-הלניסטית היתה נוכחת באזור, ושכבות מסוימות בעם, בעיקר מבני המעמד הגבוה, החלו לאמץ סממנים הלניסטיים.  בשנת 175 לפנה"ס אחד הכהנים (שאינו כהן גדול) פנה לשלטון הסלאוקי, וביקש ממנו לקנות את תואר הכהן הגדול תמורת תשלום. השלטון, שרצה כסף, כמובן נעתר לבקשה, הדיח את הכהן הגדול המכהן, ומינה את זה המשלם. בכך הגיעה ההתיוונות לשיא חדש – השלטון החל להתערב במינוי הכהונה הגדולה, בניגוד למסורת היהודית הקיימת לפיה הכהונה הגדולה עוברת בירושה.

בשנת 167 לפנה"ס המלך הסלאוקי היה בדרכו למסע מלחמה נגד בית-תלמי במצרים. באותה עת פורץ מרד ביהודה של מתנגדי ההתיוונות. המלך, אנטיוכוס הרביעי, עוצר את מסע המלחמה, ופונה לדכא את המרד ביהודה, תוך גזירת גזירות דת קשות נגד היהודים באמונה שהגזירות ימתנו את המרד. המרד מצליח, ומשפחת החשמונאים, שהנהיגה את המרד, משיגה עצמאות ליהודה ומתחילה לעמוד בראשות המדינה החשמונאית. מדובר בתחילתה של תקופת עצמאות יהודית.

בשנת 63 לפנה"ס תקופת העצמאות מסתיימת כאשר האימפריה העולה רומא כובשת את האזור. רומא מכריזה על יהודה כמדינת חסות – מדינה שיש לה מלך מתוך העם ולו אוטונומיה מלאה לענייני פנים אך היא נדרשת לשלם מס לאימפריה הרומית ולציית לה בענייני חוץ. האוטונומיה הדתית של היהודים נשמרת. החל ממותו של אחד המלכים המוצלחים, הורדוס, בשנת 4 לפנה"ס, מתחיל רצף של מלכים שאינם כישרוניים כמוהו, והם מדרדרים את הארץ, בראיה רומית. כעבור עשור, בשנת 6 לספירה, הופכת רומא את יהודה לפרובינקיה רומית – אזור שנשלט באופן ישיר על-ידי רומא, באמצעות נציג המכונה נציב המפעיל מטעמה של רומא את השלטון בארץ.

בשנת 67 לספירה פורץ מרד של היהודים כנגד השלטון הרומי, המרד נכשל, בשנת 70 נחרבת ירושלים ועימה בית המקדש, ומסתיימת תקופת בית שני. המרד, שמכונה "המרד הגדול", נמשך עד שנת 73, ודיכויו מסתיים עם כניעת מצדה בשנת 73. הרומים מגלים רבים מהתושבים לרומא, שם נמכרים לעבדות. כשלון המרד וחורבן בית-המקדש מתחיל תקופה חדשה – תקופת גלות רומא. בארץ נשארת אוכלוסיה יהודית מעטה, בעיקר עניים, תחת שלטון רומא. בשנת 132 לספירה הם מנהלים ניסיון מרד נוסף, שנכשל גם הוא, ובתגובה אליו היהודים מגורשים מהארץ ומירושלים. מרד זו הובל על-ידי דמות המכונה "בר-כוכבא", ובשמו נקרא מרד כושל זה.